Le Crédit Coopératif est affilié à BPCE depuis 2003. Cela signifie que le Crédit Coopératif détient une partie de BPCE, et que BPCE a un certain nombre de prérogatives sur ce dernier, notamment en cas de problème économique.

Crédit Coopératif est en revanche un établissement autonome (une personne morale autonome, une identité propre et une autonomie de gestion). Cela lui donne la possibilité d’avoir sa politique de financement propre, et de garder le choix des produits qu’il souhaite commercialiser.